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无菌制造系统的操作区域还需要对围护结构的墙面、地面、天花板、门窗等环境设施进行卫生处理。通常要求使用多种清洁剂对制造环境进行适当的消毒和灭菌，大连无菌净化常用清洁剂有一下：
1．作为清洗和不含杀菌剂（非离子表面活性剂，无机螯合剂）；
2．作为清洗窗户的清洁剂。
3．作为清洗和强烈的杀菌剂（如胺盐与非离子表面活性剂）；
这3类清洁剂根据无菌操作区域的不同需要清洁地面时，清洁剂应交替使用。
正常生产情况下，净化无菌操作区的清洁项目根据室内使用的工器具及具体情况而定。清洁次数取决于该区内生产活动情况。由负责微生物控制的专家对清洁次数作出调整。应经常调换新的清洁水。
无菌车间设计要点参考的几个控管项目：
1. 能除去空气中飘游之微尘粒子。
2. 能防止微尘粒子之产生。
3. 温度和湿度之控制。
4. 压力之调节。
5. 有害气体之排除。
6. 结构物与隔间之气密性。
7. 静电之防制。
8. 电磁干扰预防。
9. 安全因素之考虑。
10. 节能之考量。
净化无菌车间操作区内的作用范围是：室内地面、墙面、窗、门、天花板以及固定设备。如贮罐的外部、管道、分析天平、架子、移动工作架和台、灌封设备，有机玻璃罩子、记录台等。每年至少应对净化无菌车间操作区进行6次清洁大扫除，彻底清洗地板、墙、天花板、电气设备表面、窗、固定和可移设备。每次停产1周以上再生产以前也应对净化无菌车间操作区进行清洁大扫除。
净化无菌车间操作区的围护结构应使用气体灭菌处理，即使用甲醛或戊二醛气体熏蒸消毒灭菌。每周1次气体灭菌处理以及在每次大扫除以后或检修一段时间后，当怀疑该区域可能出现污染时，需用上述气体进行熏蒸处理。进行气体灭菌处理时，操作人员必须采取安全措施，注意人身安全。
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